Cet octroi demeure l'inconvénient majeur, le plus difficile à surmonter mais aussi le moins connu.
Il concerne en fait tous les logiciels, même hors du monde Unix, car aucun n'atteint le niveau d'« intelligence » qui lui permettrait d'interagir harmonieusement avec un utilisateur ignorant tout de l'informatique.
Nul ne sait encore hisser la machine au niveau de l'humain chargé de son administration. Ce dernier doit donc, sous peine de devoir se contenter de la sous-exploiter, se familiariser avec cet outil.
Les auteurs d'autres systèmes d'exploitation masquent souvent cette nécessité en ne proposant qu'un nombre fort limité de fonctions aisément accessibles mais totalement dépourvues de souplesse (voire d'élégance), non conformes aux normes, et souvent bâties de façon non documentée. Certains ne proposent souvent, tout bien considéré, que des systèmes de bureautique.
L'administrateur de machine GNU/Linux devra, lui, aimer apprendre. Car le système ne lui « cachera » rien, ne maintiendra nulle ressource hors de sa portée.
Linux, héritier d'Unix lui-même conçu par des chercheurs pour leurs pairs, ne brille pas d'ordinaire par son ergonomie. Les auteurs de programmes se soucient souvent davantage de l'efficacité et de la richesse des fonctions assurées que de l'attrait exercé par l'interface utilisateur.
GNU/Linux, configuré de façon adéquate, peut cependant lui aussi offrir à l'utilisateur un superbe clicodrome de menus graphiques et d'applications fenêtrées.
Le coût minimum découlant du déploiement d'une machine Unix en entreprise (installation, configuration, administration, assistance, formation ...) demeure élevé mais ne croît pas, grâce à la cohérence et à la souplesse du système, en raison directe du nombre de postes concernés.
La télé-administration, par exemple par modems interposés, permet aux petits sites de profiter de GNU/Linux sans devoir rémunérer un administrateur système à temps plein. On peut préférer laisser l'administration des machines et du réseau à des non professionnels, mais cela engendre des coûts induits.
Peu d'applications de gestion d'entreprise existent.
De nombreuses adaptations en français existent, y compris des messages du système (« libc »), des pages de documentation en ligne (« man »), ainsi que des distributions Red Hat et SuSE. Mais la plupart des applications n'ont pas (encore ?) été adaptées.